“技术可交流，主权不能失”的方针，为帝国在思想与技术层面划定了清晰的边界。然而，要将对外交往的潜在利益，尤其是滚滚而来的贸易利润，切实转化为充盈国库、支撑新政的白银，则需要一套高效、严密且杜绝贪腐的制度保障。

前明的“市舶司”制度早已废弛，清初的“十三行”虽有雏形，但管理混乱，弊窦丛生，朝廷所得往往十不及一。

陈远深知，海关乃国家财赋之咽喉，洋商聚集之渊薮，治理好坏，关乎国计民生，亦关乎对外形象与主权尊严。

启明九年，在初步理顺与西洋诸国关系、南洋贸易日盛、国内工商业渐兴的背景下，陈远下诏，以雷霆手腕，推行海关制度改革，旨在建立一套“利权归国，高效廉洁，便于商旅”的新体系。

改革由户部尚书牵头，工部（负责港口、关卡建设）、刑部（负责缉私、司法）、都察院（负责监察审计）及新设的外务通商司协同办理。

核心是颁布《大陈海关总章》及一系列实施细则。

首先，确立“海关”的独立性与中央直辖地位。

诏令宣布，在广州、厦门（月港）、宁波、云台山（松江府上海县，因其位于长江入海口、辐射江南腹地的潜力而被选为新兴口岸）四处，设立直属户部的“海关监督衙门”，简称“海关”。

海关监督由皇帝特简，通常由户部、内务府或皇帝亲信的干练官员担任，不受地方督抚节制，直接对户部和皇帝负责。

其下设征收、稽查、登记、外交（与洋商交涉）等各科，人员从原市舶司、地方税关中择优留用，并大量招募精通算学、律法、外语（葡、荷、拉丁语）的新进士子、吏员，经严格考核培训后上岗。

海关衙署的建筑、银库、码头、查验场，均由工部统一规划建造，务求坚固、规范、高效。

其次，推行“一口通商，划一税则”。

为便于管理和控制，诏令明确以上四口为对外通商正口，其他沿海港口，除福州、泉州可对东洋（日本、琉球）及南洋华人商船有限开放外，一律不得与西洋商船贸易，违者以走私论处，地方官同罪。

此举虽有限制，但集中了资源，也避免了各口岸竞相降低税率吸引商船导致的税收流失和内耗。

《海关税则》的制定，是改革的重中之重。

由户部、外务通商司会同广州、厦门等地有经验的行商、洋商通事反复磋商，并参考了西洋国家的关税制度（通过耶稣会士和荷兰人了解），力求“简明公平，便于稽征，保护本土”。

税则主要分以下几类：

1. 船钞：按商船梁头尺寸（衡量载重量）分等征收，取代以往按船只数量或估价的混乱做法。

西洋大船税重，中国商船、南洋华人小船税轻，以示优待。

2. 货税：从量税与从价税结合。